ただのメモです。よくあるのはこういう形式。灰色の文字は書いてはいけませんw。
20xx年x月x日
あいうえお様（受取人名）
かきくけこ（差出人名）
（件名）さしすせそについて
平素よりほにゃららほにゃららお礼申し上げます。
かきくけこは・・・ご案内いたします。
記
１．あああ
２．いいい
３．ううう
以上
2020/06/14
2020/06/13
世界各国のコレステロール値
世界各国でのコレステロール値の変化。詳細は[1]を参照。
non-HDL
1980年と2018年の、年齢標準化されたHDLでないコレステロールの平均値を表したものが下図（[1]のFig.3）。赤いほど値が大きい。
a: 1980年女性, b: 2018年女性, c: 1980年男性, d: 2018年男性
同図のキャプションに、"One mmol/l is equivalent to 38.61 mg/dl." とあるので、カラーバー中央の黄色で3.5mmol/l x 38.61 ≃ 135.1 mg/dl。
日本は、女性の値が低下している一方、男性の値は色で見る限りでは変化していない。
HDL
1980年と2018年の、年齢標準化されたHDLコレステロールの平均値を表したものが下図（[1]のExtended Data Fig. 6）。
引用元文献
[1] Taddei, C., Zhou, B., Bixby, H. et al. Repositioning of the global epicentre of non-optimal cholesterol. Nature 582, 73–77 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2338-1 (Open Access, CC BY 4.0)
2020/04/19
Emacsで入力補完 その２
はじめに
先日の記事ではEmacsのcompany-modeの設定をしましたが、 CまたはC++を使う場合のプロジェクト内のヘッダファイルを検索対象にするために、ひと手間必要でした。 ここではそれを自動化するための設定をしてみます。
設定
プロジェクトルートを見つけるため、最初にProjectileをインストールします。
M-x package-install [Enter] projectile [Enter]次に、~/.emacs.d/init.elに以下の内容を記載します。
(require 'company)
(global-company-mode t)
(define-key global-map (kbd "C-f") 'company-complete)
(setq company-backends '((company-clang company-dabbrev-code company-gtags)))
(require 'projectile)
(define-key projectile-mode-map (kbd "C-c p") 'projectile-command-map)
(projectile-mode +1)
;; Return a project root if it is found else a current directory
(defun pproot () (let ((d (projectile-project-root))) (unless d (setq d ".")) d))
;; Find all include paths and set them to clang include path
(defun set-company-clang-include-path ()
(interactive)
(setq company-clang-arguments
(mapcar (lambda (x) (concat "-I" x)) ;; Make clang options to set include path
(seq-uniq (mapcar (lambda (x) (replace-regexp-in-string "/[^\/]*$" "" x)) ;; Extract directories
(directory-files-recursively (pproot) ".*\.\\(h\\|hpp\\)$")))))) ;; Find all header files
(defun set-company-clang-include-path-if-empty ()
(unless company-clang-arguments (set-company-clang-include-path)))
(add-hook 'c++-mode-hook 'set-company-clang-include-path-if-empty)
(add-hook 'c-mode-hook 'set-company-clang-include-path-if-empty)
プロジェクトルート以下の.h/.hppをすべて検索するため、大きめのプロジェクトでは、
c-modeまたはc++-modeでファイルを開くと最初は時間がかかるかもしれません。
company-clang-argumentsを更新する場合は、M-x set-company-clang-include-pathを実行します。
2020/04/12
Emacsで入力補完
はじめに
EmacsにIntellisenseっぽいものを導入してみます。
準備
Packageを使う準備ができていない場合は、
https://melpa.org/#/getting-started
に従って準備します。 設定ができたらemacsを立ち上げて、 M-x package-list-packages を実行します。 パッケージの一覧が表示されますので、companyの行へ移動します。なければ r を押してください。リストが更新されます。 companyの行へ移動できたら i を押します。すると、その行に I が表示され、インストール準備が完了した状態になります。 最後に x を押すとインストールしてよいかの確認の後、インストールされます。
使い方
emacsを立ち上げて、 M-x global-company-mode を実行すれば有効になります。 C++のファイルを開いているときにcompany-modeを有効にしようとして、もし、
Company backend ’company-clang’ could not be initialized: Company found no clang executableというエラーがでた場合は、clangがインストールされていないということなので、aptなどでclangをインストールします。 この状態でも使えるのですが、emacsを起動するたびにglobal-company-modeを有効にしなければならないので、 ~/.emacs.d/init.el に次の内容を追加しておきます。
(global-company-mode t) (global-set-key (kbd "C-f") 'company-complete)このようにすると、Ctrl+f で自動補完が動作するようになります。 カーソル移動にCtrl+fを使う人は別のキーに割り当てましょう。
C++のプロジェクト内で定義した関数等の補完
C++では、global-company-modeを有効にしただけでは標準の関数等に対してしか補完は行われません。 今まさに作っている最中のプロジェクト内のファイルに対する補完が効かないということです。これは、補完のために呼び出されるclangが読み込むべきファイルのパスを知らないためです。 そこで、プロジェクトのルートに次のような内容を記載した .dir-locals.el という名前のファイルを作成します。
((nil . ((company-clang-arguments . ("-I/path/to/include/"
"-I/path/to/2nd/include/")))))
これで、指定したパスのファイル内で定義されている関数等は補完の対象になります。サブディレクトリを再帰的に見てくれるわけではないので注意が必要です。
なお、このファイルを作成すると、emacs起動時に
The local variables list in /path/to/include/ contains values that may not be safe (*).と聞かれるようになってしまいます。設定値に文字列が入っていると聞いてくるようです。許可すればいいだけですが、ちょっと手間ですね。
まとめ
使えることは使えるのですが、プロジェクトごとにファイルを準備しないといけないため、 常用するにはもうひと工夫必要になりそうです。
参考
company の説明
http://company-mode.github.io/
http://emacs.rubikitch.com/company/
https://qiita.com/syohex/items/8d21d7422f14e9b53b17 emacs設定いろいろ
http://tuhdo.github.io/c-ide.html clangが見つからないと言われたら
https://emacs.stackexchange.com/questions/19306/how-do-i-get-company-mode-to-recognize-clang .dir-locals.el の説明
https://www.emacswiki.org/emacs/DirectoryVariables bashのキーボード・ショートカット一覧
https://ss64.com/bash/syntax-keyboard.html
2020/03/01
For 〜ingとTo infinitiveの違い
すぐに忘れてしまうので、メモ。
For 〜ing : 機能か理由を表す場合
To inifinitive : 目的か意図を表す場合
例を含む詳細は以下のページで確認できます。
https://ell.stackexchange.com/questions/24553/how-can-i-decide-when-to-use-for-ing-or-to-infinitive-in-a-sentence
https://dictionary.cambridge.org/us/grammar/british-grammar/for-ing
2020/02/16
インフルエンザの報告数の推移
報告数
新型コロナウイルスの話があふれていますが、毎年流行っているインフルエンザの報告数について調べてみました。
指定届出機関からのインフルエンザの週ごとの報告総数です。 データは https://www.niid.go.jp/niid/ja/data.htmlから入手できます。
死亡率
ついでに、インフルエンザによる死亡率についても調べてみました。 米国のデータでは、 https://www.ncc.go.jp/jp/ncce/division/safety_management/about/kansen/020/010/20181002160441.html から引用すると、
| 年齢 | 10万人あたりの死亡者数(米国) |
|---|---|
| 25歳-34歳 | 0.1 |
| 65歳-74歳 | 2.2 |
| 75歳-84歳 | 8.7 |
| 85歳以上 | 43.3 |
リンクされている元データをたどってみると、 https://www.cdc.gov/nchs/data/nvsr/nvsr68/nvsr68_09-508.pdf のTable 5がそれっぽいので、その値をみてみると、
| 年齢 | 10万人あたりの死亡者数(米国) 2017年 |
|---|---|
| 25歳-34歳 | 0.9 |
| 65歳-74歳 | 29.6 |
| 75歳-84歳 | 93.8 |
| 85歳以上 | 375.3 |
それはともかく、10万人あたりだと実感がわかないので、％にしてみると、
| 年齢 | 死亡率(%) (米国) 2017年 |
|---|---|
| 25歳-34歳 | 0.0009 |
| 65歳-74歳 | 0.0296 |
| 75歳-84歳 | 0.0938 |
| 85歳以上 | 0.3753 |
日本での死亡率は https://www.hosp.med.osaka-u.ac.jp/home/hp-infect/file/ictmon/ictmon162.pdf に掲載されている図３から数値をざっくり読み取ったところ、
| 年齢 | 死亡率(%) (日本) 2009年8月3日〜2009年12月13日 |
|---|---|
| 30歳-39歳 | 0.001 |
| 60歳-69歳 | 0.016 |
| 70歳以上 | 0.032 |
インフルエンザとは？
インフルエンザの説明は
https://www.niid.go.jp/niid/ja/kansennohanashi/219-about-flu.html
あたりが参考になります。
2020/02/08
C++のビルド済みバイナリをpipでインストール
category:
linux
目的
C++ と cmake で作った実行ファイルを、pipでインストールできる形式にします。 加えて、pythonのライブラリも添付します。 なお、PyPIへのアップロード・配布は考慮していません。作り方
pythonの準備
skbuildを使うので、pip install scikit-build でインストールしておきます。 python 3.8.1 で動作確認しています。pipでインストールするC++のプログラムの準備
練習用C++プログラムを準備します。既存の、C++ & cmakeでビルドするプログラムがあれば、ここはスキップします。 まず、練習用C++プログラムの本体です。 [aaa.cpp]1 2 3 4 5 6 7 8 9 | #include <iostream>
int main(int argc, char *argv[]){
std::cout << "aaa bbb ccc" << std::endl;
for(int i=0; i<argc; ++i){
std::cout << argv[i] << std::endl;
}
return 0;
}
|
1 2 3 4 | cmake_minimum_required(VERSION 3.11.0)
project(projAAA)
add_executable(aaa aaa.cpp)
install(TARGETS aaa RUNTIME DESTINATION .)
|
setup.py
配布パッケージを作成するためのPythonスクリプト setup.py を作成します。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 | #!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from skbuild import setup
setup(name="bdist-template", # パッケージの名前。pipでインストール後、pip list で表示される名前
version="0.0.0",
author="Your NAME",
author_email="your@name.com",
packages=["bdist_example"], # importするときに使う名前。nameと一致してなくても良い。
# 同じ方がユーザーには親切かも。
cmake_install_dir="bdist_example/bin", # 最初のディレクトリ名はpackagesで指定した名前と同じにする
entry_points={
"console_scripts": [
"cmdaaa=bdist_example:python_function_aaa"
]
# cmdaaa がpip install後にシェルから使えるコマンド名になる
# =と:の間は、packagesで指定した名前と同じにする
# :の右側は後ほど説明
},
url="http://yourname.abc",
download_url="https://yourname.abc/download",
description="Test package", # このパッケージの短い説明文
long_description="Test package !!!", # このパッケージの詳細な説明文
classifiers=[
"Programming Language :: C++",
'Programming Language :: Python'
],
license="???" # ライセンス名を記載(GPLとかApacheとか)
)
|
__init__.py
pipでインストールする場合、C++でビルドした実行ファイルをそのまま実行するのではなく、Pythonを一旦経由するので、 そのためのスクリプトを準備します。 まず、 setup.py のpackagesで指定した名前（ここではbdist_example）のディレクトリを作成します。 そこに次のような内容を含む __init__.py を作成します。 [bdist_example/__init__.py]1 2 3 4 5 6 7 8 | import os
import subprocess
import sys
CMAKE_BIN_DIR = os.path.join(os.path.dirname(__file__), "bin")
def python_function_aaa():
raise SystemExit(subprocess.call([os.path.join(CMAKE_BIN_DIR, "aaa")] + sys.argv[1:]))
|
同梱するスクリプト
次のスクリプトも同梱するようにします。バイナリのみの配布であれば、ここはスキップします。 [bdist_example/aaalib.py]1 2 | def print_aaaaa():
print("aaaaa")
|
.whlファイルの作成
ここまでそろうとパッケージを作ることができます。$ python setup.py bdist_wheelを実行すると、distディレクトリの中に.whlファイルが作成されます。
インストール
作成した.whlを次のようにしてインストールします。$ pip install dist/bdist_template-0.0.0-cp38-cp38-linux_x86_64.whl Processing ./dist/bdist_template-0.0.0-cp38-cp38-linux_x86_64.whl Installing collected packages: bdist-template Successfully installed bdist-template-0.0.0インストールされたことの確認は、
$ pip list Package Version -------------- ------- bdist-template 0.0.0 packaging 20.1 pip 20.0.2 pyparsing 2.4.6 scikit-build 0.10.0 setuptools 41.2.0 six 1.14.0 wheel 0.34.2でできます。bdist-templateがインストールされていることがわかります。
動作確認
先程作成したコマンドが呼び出せることを確認します。$ cmdaaa x y z aaa bbb ccc /home/user/.pyenv/versions/3.8.1/envs/py38/lib/python3.8/site-packages/bdist_example/bin/aaa x y zC++でビルドしたコマンドそのものは aaa でしたが、setup.pyで書いたコマンド名 cmdaaa が有効になっていることが確認できました。 同梱したスクリプトをpythonから実行してみます。
>>> import bdist_example.aaalib >>> bdist_example.aaalib.print_aaaaa() aaaaa
おまけ１
データを同梱したい場合は、次のようなコードを setup.py のsetup関数に渡す引数に追加します。
setup(...
include_package_data=True,
package_data={
"bdist_example": ["data/*.dat"],
}
)
ここでは、bdist_example/data/*.dat にデータがあると仮定しています。
おまけ２
.whlのファイル名でインストールできるpythonのバージョンが制限されるので、
$ mv bdist_template-0.0.0-{cp38-cp38,py3-none}-linux_x86_64.whl
のようにリネームしておくと、Python3ならインストールできるようになります。
ファイル名での制限を外すと、動作しないバージョンのPythonにインストールできてしまうので、代わりに、
setup(...
python_requires='~=3.6'
)
のように指定しておきます。バージョン指定の書き方はhttps://packaging.python.org/guides/distributing-packages-using-setuptools/#python-requires
が参考になります。
まとめ
skbuild により、 setup.py と __init__.py を準備するだけで .whl ファイルを作ることができました。参考文献
scikit-build (skbuild) のドキュメントhttps://scikit-build.readthedocs.io/en/latest/usage.html#basic-usage cmake-python-distributions のコード
https://github.com/scikit-build/cmake-python-distributions プロジェクトのパッケージングと配布
https://python-packaging-user-guide-ja.readthedocs.io/ja/latest/distributing.html
https://packaging.python.org/guides/distributing-packages-using-setuptools/
2019/11/10
sox equalizer
目的
soxのequalizerのヘルプに書かれている [q|o|h|k] の意味がわからないので、調べてみます。
$ sox --help-effect equalizer sox: SoX v14.4.2 Effect usage: equalizer frequency width[q|o|h|k] gain幅の単位であることは読み取れます。
調査に使ったコード
調査には https://git.code.sf.net/p/sox/code を利用しました。 コミットのハッシュ値は 2f6b3fec2dddfbb869a9f7de3110c9aaa31517c9 (Date: Wed Aug 1 23:45:59 2018 -0400) でした。
結果
hはHz、qはHzの逆数に操作する周波数を掛けた値であることがわかりました。また、oはオクターブっぽく、kはよくわからないこともわかりました。
記載箇所
equalizerは src/biquads.c に記述されています。 オプションの解析部分を追っていくと、
q = width_Q o = width_bw_oct h = width_bw_Hz k = width_bw_kHzであることがわかります。 このファイル内に、これらを使っている箇所があります。
static int start(sox_effect_t * effp)
{
...
if (p->width) switch (p->width_type) {
case width_slope:
alpha = sin(w0)/2 * sqrt((A + 1/A)*(1/p->width - 1) + 2);
break;
case width_Q:
alpha = sin(w0)/(2*p->width);
break;
case width_bw_oct:
alpha = sin(w0)*sinh(log(2.)/2 * p->width * w0/sin(w0));
break;
case width_bw_Hz:
alpha = sin(w0)/(2*p->fc/p->width);
break;
case width_bw_kHz: assert(0); /* Shouldn't get here */
case width_bw_old:
alpha = tan(M_PI * p->width / effp->in_signal.rate);
break;
}
...
width_Qはwidth_bw_Hzとは逆に動いているので、qを大きくすると幅が狭くなるようです。
width_bw_kHzについては、assert(0)では止まらないので、はwidth_bw_old扱いになるようです。
全然kHzではありませんね。
参考までに、pの型はbiquad_tで、定義は、src/biquad.h より、
typedef struct {
double gain; /* For EQ filters */
double fc; /* Centre/corner/cutoff frequency */
double width; /* Filter width; interpreted as per width_type */
width_t width_type;
filter_t filter_type;
double b0, b1, b2; /* Filter coefficients */
double a0, a1, a2; /* Filter coefficients */
sox_sample_t i1, i2; /* Filter memory */
double o1, o2; /* Filter memory */
} biquad_t;
です。
2019/08/31
Debian10のPCのルータ化
目的
Debian10 (Buster) をインストールしたPCをルータにします。 インターネット側のネットワークインターフェイスenxと、内部ネットワーク側のネットワークインターフェイスeniがあるとして説明します。
[内部PC1]┬(eni)[ルータ化するPC](enx)─[インターネット] [内部PC2]┘なお、試行錯誤したあとにまとめているため、記載通りでは動かない可能性があります。
おおまかな手順
おおまかな作業手順は次のとおりです。
- IPアドレスの固定
- isc-dhcp-server (DHCPサーバ)のインストールと設定
- nftables (NAT用)のインストールと設定
- bind9 (DNSサーバ)のインストールと設定
IPアドレスの固定
Debian10ではNetworkManagerがデフォルトで動作しています。そのため、nmcliを使って、eniのIPアドレスの固定します。 残念なことにGUIを使った設定では、いずれか１つのネットワークインターフェイスしか有効にできないようです。 nmcliの解説はhttps://go-journey.club/archives/4124が参考になります。 有線LANの場合、作業の開始前にLANケーブルを接続しておくことをお薦めします。 接続がないとSTATEに利用不可と表示され、設定した結果を確認できなくなります。 最初に、ネットワークインターフェイスをNetworkManagerから見えるようにします。
$ nmcli connection add type ethernet ifname eni con-name eni次に、eniのIPアドレスを指定します。
$ nmcli connection modify eni ipv4.method manual ipv4.addresses 10.0.0.1/27しばらくすると、IPアドレスが固定され、ネットワーク接続が完了します。 ネットワークの状態は
$ nmcli deviceで確認できます。
DHCPサーバの設定
isc-dhcp-serverをインストールします。
$ apt install isc-dhcp-serverisc-dhcl-serverの設定ファイルは /etc/dhcp/dhcpd.conf にあります。 そこに次の内容を追記します。
subnet 10.0.0.0 netmask 255.255.255.224 {
range 10.0.0.10 10.0.0.20;
option routers 10.0.0.1;
option domain-name-servers 10.0.0.1;
}
IPアドレスは適宜変更してください。この設定で配布されるIPアドレスは、10.0.0.10〜10.0.0.20の範囲です。
最後に、DHCPサービスを再起動します。
$ systemctl restart isc-dhcp-serverこれで内部PCにIPアドレスが配布されます。
NATの設定
ルータとして動作するようにするために、まず、 /etc/sysctl.conf に
net.ipv4.ip_forward=1を追記します。コメントアウトされた状態で記載されているので、コメントを外すだけです。 この設定を次のコマンドを実行することで有効にします。
$ sysctl --system有効になっているかは
$ cat /proc/sys/net/ipv4/ip_forwardで確認できます。出力が1になっていれば、OKです。 次に、NATを有効にします。NATはファイアウォールの機能の一部ですので、Debian10から標準となったnftablesを用います。
$ apt install nftablesでインストールし、/etc/nftables.conf に次の内容を追加します。
table ip nat {
chain prerouting {
type nat hook prerouting priority 0;
}
chain postrouting {
type nat hook postrouting priority 100;
oifname "enx" masquerade
}
}
追記できればサービスを有効化し、実行します。
$ systemctl enable nftables.service $ systemctl restart nftablesクライアントから8.8.8.8にpingが通るようになっていれば成功です。
DNSサーバの設定
BIND9をインストールするだけです。
$ apt install bind9https://www.clear-code.com/blog/2010/11/19.htmlが参考になります。 もし、クライアントのブラウザからドメイン名を使ったアクセスができない場合は、
$ systemctl restart isc-dhcp-serverで、DHCPサービスを再起動してみてください。 以上で、ルータが完成です。セキュリティー関連の設定は別途実施してください。
2019/08/25
Debian10でのデスクトップ環境の変更
Debian10は、インストール時にデスクトップ環境を複数インストールすることができます。
例えば、GNOMEとCinnamonの２つをインストールすると、ログイン時にどちらの環境でログインするかを選択することができます。 この２つをインストールしておくと、デフォルトではGNOMEが選択されるようになっています。 デスクトップ環境をGNOMEからCinnamonに変更するには、ログイン画面のパスワード欄の下にある、小さいギアのアイコンのボタンを押します。 すると、選択できるデスクトップ環境の一覧が表示されるので、使いたい環境を選択します。 その後、ログインすると、選択した環境で作業できるようになります。 ボタンの場所は記事の図を参考にしてください。https://computingforgeeks.com/how-to-install-cinnamon-desktop-en\ vironment-on-debian/
具体的には、 install-cinnamon-deb10-03.pngです。
Debian10でWacomタブレットを使う
現象
Debian10を標準でインストールし、Wacomのタブレット(CTH-480)をつなげ、ペンで操作していると、マウスカーソルが頻繁に消失します。 また、タブレット操作とペン操作のそれぞれに対してマウスカーソルが表示されるという症状も出ていました。
原因
Waylandがタブレットを正しく処理できていないことが原因のようです。
解決策
/etc/gdm3/daemon.conf でコメントアウトされている次の行のコメントを外して有効にします。
WaylandEnable=falseその後、再起動すると、Waylandの代わりに従来のXが使われるようになります。 Xは正しくペンタブレットを処理できるようで、マウスカーソルが消えたり２つになったりする現象はなくなりました。 WaylandをOFFにする方法は、
https://linuxfan.info/ubuntu-gdm-wayland-false
を参考にしました。
2019/07/27
電気いらずの脱塩装置
太陽光だけで海水を真水にできる装置が発表されました。
https://www.monash.edu/news/articles/water-solutions-without-a-grain-of-salt
https://www.newsweekjapan.jp/stories/world/2019/07/post-12625.php
円盤状の濾紙の中央に水を吸い上げて、太陽光で蒸発させます。
これを集めれば真水になりますね。
水に溶けていた塩は円盤の外側へと排出されます。
もこもこ塩が湧き出てくる動画が面白い。
https://youtu.be/OGZVhcQ33MQ
2019/05/27
J-PlatPat が更新
J-PlatPatが更新されて、いい感じに使いにくくなったので、とりあえずの検索をするときの使い方をメモしておきます。
投稿日時点の使い方なので、今後使い方が変わっていく可能性はあります。（そもそもずいぶん前に更新されていたのかもしれません）
ざっくり調べたいときは、全文検索かつキーワードをANDでつなげたいことが多いです。
Googleの検索と同じですね。
選択入力
「選択入力」を使うときは、「検索項目」を「全文」に設定して、キーワードに１単語ずつ入力していきます。１単語ずつ！、です。複数単語を入れるとORになります。
残念なことに指定したい単語の数が多いと、この作業はとても手間がかかるので、「論理式入力」を使ったほうが簡単です。
論理式入力
論理式入力で全文検索かつANDで単語をつなげるには、例えば
機械学習/TX*分散処理/TX*プロトコル/TXまたは、
(機械学習*分散処理*プロトコル)/TXのように指定します。*がAND式で、/TXが全文を対象にする式（構造タグ）です。
使える演算子について
ヘルプには記載されているのですが、見たら分かるであろう画面の使い方が記載されている部分が多く、見つけるのに時間がかかったので、ここにURLを貼っておきます。 [条件式一覧]
https://www.j-platpat.inpit.go.jp/help/ja/p01/arithmetic.html
の「使用できる演算子について」を開くと読めます。簡単に書いておくと、
* AND
+ OR
- NOT
[ ] 演算順位の変更(+と-を*より強くするときなどに使う)
( ) /以降をまとめる
例：
('Liquor'*['Wine'-'Japanese beer'])/TX
[構造タグ一覧]
https://www.j-platpat.inpit.go.jp/help/ja/p01/p0101.html#9994
使用頻度が高そうなものをピックアップしておきます。
TX 全文
AB 要約/抄録
CL 請求の範囲
FI FI
FT Fターム
IP IPC でしょうか。
文献内検索
さて、そうして見つけた文献を表示して、ブラウザの検索機能で当該箇所を探そうとすると、全文が表示されていないため、全文検索ができません。そこで、「要約」「請求の範囲」「詳細な説明」を１つずつ開いておきます。幸いにも、次の文献を表示したときにまた当該項目が閉じられてしまうことはないので、多少はましでしょうか。サーバーの負荷を下げたい一心で設計したんでしょう。手間がかかってしかたがないですね。
また、文献サイズが大きいと、一度に表示できずに分割されてしまいます。
そのため、ブラウザの検索機能を使って全文を検索できません。
そういった場合は、仕方がないので、
- pdf出力をする
- Google patentで検索する
にしましょう。
そもそも最初からGoogle patentでいいのかもしれませんね。
2019/02/03
wavの簡易表示
端末でwavファイルの中身を簡易表示するスクリプトを作ってみました。
https://bitbucket.org/bluewidz/asciiwave/src/default/aw
soxが必要です。
実行例です。
$ ./aw a.wav | head -n5 0.100s 18893 12375 18893 12375 18893 12375 0.200s 10841 6235 10841 6235 10841 6235 0.300s 8328 4031 8328 4031 8328 4031 0.400s 7479 3369 7479 3369 7479 3369 0.500s 6779 3056 6779 3056 6779 30560.100sの列は、0s-0.1sの間のサンプル値の絶対値の最大値を表示しています。
列はチャンネルを表しています。一番左が1チャネル目です。6列あるので、このファイルは6チャネル分のデータが含まれていることになります。
スケールを変更する場合は、1行にまとめるサンプル数を直接指定します。
$ ./aw -s 480 a.wav | head -n5 0.010s 0 0 0 0 0 0 0.020s 0 0 0 0 0 0 0.030s 0 0 0 0 0 0 0.040s 0 0 0 0 0 0 0.050s 39 25 39 25 39 25
2019/02/02
ZeroMQでソケット通信
はじめに
Python3 + ZeroMQでソケット通信を試してみます。 PythonでZeroMQを使うためのpyzmqのドキュメントは、
https://pyzmq.readthedocs.io/en/latest/
https://learning-0mq-with-pyzmq.readthedocs.io/en/latest/index.html
が、ZeroMQそのものの説明は
http://zguide.zeromq.org/page:all
が参考になります。 次の４パターン
- Pair (Exclusive pair)
- Client/Server (Request-reply)
- Publish/Subscribe (Pub-sub)
- Push/Pull (Pipeline)
コード
Publisher側のコードです。socket.send_pyobj でpythonのオブジェクトをそのまま渡すだけです。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 | import zmq
import time
import numpy as np
context = zmq.Context.instance()
socket = context.socket(zmq.PUB)
socket.bind("ipc://aaa")
w = np.ones(160) # numpy array to be sent
while True:
t = time.perf_counter()
socket.send_pyobj([t, w])
print(t)
time.sleep(1)
|
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 | import zmq
import time
context = zmq.Context.instance()
socket = context.socket(zmq.SUB)
socket.connect("ipc://aaa")
socket.subscribe('') # Recieve all topics
while True:
start, w = socket.recv_pyobj()
end = time.perf_counter()
print("{0} ms".format((end-start)*1000.0))
|
実行結果
実行は、端末を２つ立ち上げて、上記のコードをpythonで実行するだけです。 実行してみると、Subscriber側では、
115.46662700129673 ms 0.5929949984420091 ms 0.9222489970852621 ms 0.7364909979514778 ms 0.5779260027338751 ms 0.5179920044611208 ms 0.5140290013514459 ms 0.5147350020706654 ms 0.5380119982874021 ms 0.5411919992184266 ms 0.5420840025180951 ms 0.5289019973133691 ms 0.8248919984907843 ms 0.9655120011302643 ms 0.7765349946566857 ms 0.6397230026777834 ms 0.7840489997761324 ms 1.0322410016669892 ms 0.7769410003675148 ms 0.774603002355434 ms 0.7632400011061691 ms 0.7989099976839498 ms 0.8185699989553541 ms 0.8329580014105886 msと出力されました。おおむね1ms以下で送信できているようです。ただ通信したいだけの用途なら十分な速さですね。
送信データ量を増やす
numpy arrayを作るところを1000倍してみたところ、
w = np.ones(160000)さすがに3ms前後かかるようになりました。
118.689604998508 ms 6.79611799569102 ms 3.675059000670444 ms 3.75746200006688 ms 3.62611300079152 ms 3.6894719960400835 ms 2.672021997568663 ms 3.772675001528114 ms 3.641210001660511 ms 3.5925789998145774 ms 3.0622690028394572 ms
通信をtcpに変更
さらに、通信を次のようにtcpに変更してみました。
[Publisher]
socket.bind("tcp://*:5556")
[Subscriber]
socket.connect("tcp://localhost:5556")
すると、
117.72498200298287 ms 6.720707002386916 ms 4.039794999698643 ms 3.9917790054460056 ms 4.0376230026595294 ms 3.933735999453347 ms 3.9876959999674 ms 4.071578005095944 ms 4.004092996183317 msとなりました。ipcよりtcpのほうが若干遅いようです。
2018/11/11
場所によって異なる興奮性ニューロン
ニューロンは色々種類があるけれど、満遍なく存在するわけではないらしい。 というわけで、以下ざっくりとメモ。
ざっくり
Tasicらによると、マウスの脳の異なる領域にある興奮性ニューロンはタイプが異なるらしい[1, 2]。 Tasicらは、マウスの脳のAnterior lateral motor cortex (ALM, 運動野のどこか)とPrimary visual (VISp, 視覚野)を対象として、遺伝子発現プロファイルに基づいて細胞タイプを調べた。 そうしたところ、133個の細胞タイプが存在し、101個のタイプがALMに、111個のタイプがVISpにあることが分かった。そのうち、79個は両方の領域で存在することもわかった。 また、おおきく３つに分類すると、抑制(GABAergic)タイプが61個、興奮(glutamatergic)タイプが56個、ニューロンでないタイプが16個、となった。 これらのうち、興奮タイプのニューロンの大部分が上記２つの領域間で共有されていなかった。 抑制タイプの中には領域間で遺伝子発現が異なるものがあったが、統計的に異なるというには不十分であった（[2]のFig.2 cを参照）。
ちょこっと計算
計算してみると、領域間で共有されていないタイプはALMでは22個、VISpでは32個あり、合計で54個となります。 共有の有無の基準は良く読まないとわかりませんが、この54個がすべて興奮タイプのニューロンだということのようです。[2]のFig.2 cを見ると、確かに興奮性のものばかり遺伝子発現に差異があるようです(図のDE genesはdifferentially expresed genesの略かな？)。
参考
[1] https://www.nature.com/articles/d41586-018-07027-3
[2] https://doi.org/10.1038/s41586-018-0654-5
Firefoxのタブの設定
Firefoxで新しいタブを開く条件を設定する方法です。
動作確認は63.0.1で実施しています。
browser.link.open_newwindow.restriction 0とします。 ロケーションバーから開くときに新しいタブで開くには、
browser.urlbar.openintab trueとします。 ブックマークから開くときに新しいタブで開くには、
browser.tabs.loadBookmarksInTabs trueとします。 検索ボックスから開くときに新しいタブで開くには、
browser.search.openintab trueとします。 これで、何か新しいURLを開こうとしたときに、常に新しいタブで開くようになります。
2018/10/06
LVMでパーティション作成
はじめに
LVMでディスクを設定します。細かい説明は適当にぐぐってください。
環境
VirtualBox環境で、2GBのHDDを２個目のHDDとして追加しています(/dev/sdb)。 この追加したHDDをLVMにします。OSはUbuntu 16.04.4 LTSです。
まとめ
$ sudo parted /dev/sdb $ (parted) mklabel gpt $ (parted) mkpart base-partition 0% 100% $ (parted) set 1 lvm on $ (parted) quit $ sudo pvcreate /dev/sdb1 $ sudo vgcreate vg0 /dev/sdb1 $ sudo lvcreate -l 100%FREE -n lv0 vg0 $ sudo mkfs.ext4 /dev/vg0/lv0 $ sudo mkdir /disk1 $ sudo mount /dev/vg0/lv0 /disk1
詳細
- まずは元にするパーティションが必要なので、partedで作成します。
$ sudo parted --list
で一覧を取得して、対象となるデバイスを選びます。 不明な点があればman partedを読みましょう。 parted --helpは内容を知っている人向けです。 - 選択したデバイスを指定してpartedを起動します。
$ sudo parted /dev/sdb
- パーティションの情報を表示します。
(parted) print ... パーティションテーブル: unknown ...
- パーティションの管理方式をGPTに変更します。
(parted) mklabel gpt (parted) print ... パーティションテーブル: gpt ...
- パーティションを作成します。
(parted) mkpart base-partition 0% 100% (parted) print モデル: ATA VBOX HARDDISK (scsi) ディスク /dev/sdb: 2147MB セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B パーティションテーブル: gpt ディスクフラグ: 番号 開始 終了 サイズ ファイルシステム 名前 フラグ 1 1049kB 2146MB 2145MB base-partition
man partedで表示されるマニュアルでは、mkpart part-type [fs-type] start end Make a part-type partition for filesystem fs-type (if specified), beginning at start and ending at end (by default in megabytes). part-type should be one of "pri‐ mary", "logical", or "extended".と書かれていますが、第１引数に指定した文字列は、パーティションの名前になります。 - LVM用のフラグを立てます。
(parted) set 1 lvm on (parted) p モデル: ATA VBOX HARDDISK (scsi) ディスク /dev/sdb: 2147MB セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B パーティションテーブル: gpt ディスクフラグ: 番号 開始 終了 サイズ ファイルシステム 名前 フラグ 1 1049kB 2146MB 2145MB base-partition lvm
parted上での作業は完了ですので、quitで抜けます。 - Physical Volumeを作ります。
$ sudo pvcreate /dev/sdb1
sdbではなく、sdb1を指定します。 結果は$ sudo pvdisplay
で確認できます。 - Volume Groupを作ります。
$ sudo vgcreate vg0 /dev/sdb1
結果は$ sudo vgdisplay
で確認できます。 - Logical Volumeを作ります。サイズ指定なら
sudo lvcreate -L 1.996GiB -n lv0 vg0
全て使うならsudo lvcreate -l 100%FREE -n lv0 vg0
とします。 出来上がったサイズは$ sudo lvdisplay --- Logical volume --- LV Path /dev/vg0/lv0 LV Name lv0 VG Name vg0 ... LV Size 2.00 GiB ...
で確認できます。 - ext4でフォーマットします。
$ sudo mkfs.ext4 /dev/vg0/lv0
- 出来上がったディスクをマウントします。
$ sudo mkdir /disk1 $ sudo mount /dev/vg0/lv0 /disk1 $ df Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on /dev/mapper/vg0-lv0 2027408 3072 1903300 1% /disk1
マウントするときは、UUIDでも可能です。$ blkid /dev/mapper/vg0-lv0: UUID="0805787f-b7a0-488a-9321-ed7ed77322ab" TYPE="ext4" $ sudo mount UUID=3be08a7c-449a-4d74-b576-1064ef72a7ef /disk1
fstabに追加したいときは、$ man fstab
を参照するかぐぐりましょう。
2018/09/15
tmuxの画面が固まったら
Windows Subsystem for Linux (WSL)のターミナルでtmuxを使っているときに、
ないしは、byobuのバックエンドでtmuxを使っているときに、
うっかり、SJISの文字コードを表示すると画面が固まります。
復旧するすべは分からないのですが、固まったウィンドウのみを削除することはできます。
表示が乱れるかもしれませんが、固まっているウィンドウを表示し、
[prefix-key]→ & → y → [prefix-key] → dを押します。ウィンドウをkillして、tmuxから抜けています。そして、再度、tmux (またはbyobu) に接続すると、固まっていたウィンドウがなくなっています。
または、固まっていないウィンドウに移動し、画面を正常にするために一旦 tmux から抜けて、再度接続し、そこで
$ tmux kill-window -t :[ウィンドウの番号]を実行すると、固まったウィンドウを削除できます。tmuxバックエンドのbyobuでも同じです。
2018/09/04
非可逆圧縮音声ファイルと非圧縮音声ファイルの自動判定
はじめに
人間の耳では感知しにくい、mp3による圧縮音声と非圧縮音声の違いをニューラルネットワークを使って判定できるか試してみます。 mp3とwavのスペクトログラムを下図のように比較すると、明らかに周波数の高い部分がmp3では消えているので、それを特徴として捉えられれば判定できそうです。
方法
Hennequinらの方法(Codec Independent Lossy Audio Compression Detection, 2017)を参考にしました。 今回の実験に使用したニューラルネットワークを以下に示します。 入力は、フレーム長（窓幅）を512サンプルとした対数パワースペクトルです。Nフレームつなげたものを画像とみなしてCNNで処理します。フレームシフトは256サンプルです。活性化関数は全てLeakyReLUです。
Conv2D Nx256 32-channel MaxPooling (N/2)x128 32-channel Conv2D (N/2)x128 16-channel MaxPooling (N/4)x64 16-channel Conv2D (N/4)x64 16-channel MaxPooling (N/8)x32 16-channel Conv2D (N/8)x32 16-channel MaxPooling (N/16)x16 16-channel Conv2D (N/16)x16 16-channel Flatten (N/16)x16x16 Dense 64 Dropout Dense 64 Dropout Dense 2 Softmax(2-classes)
データ
訓練データは12曲で、先頭から曲の終端まで1000フレーム(5.8秒)ごとに1回、特徴ベクトルを抽出しました。 合計506個です。検証用データは15曲で特徴ベクトルは792個です。
結果
1エポック当り100ステップ、バッチサイズ4で50エポック訓練した結果、以下のようになりました。 N=1のみ3回実験しました。
| N | Train-acc | Validation-acc |
|---|---|---|
| 1024 | 1 | 0.968250 |
| 512 | 0.999250 | 0.955000 |
| 256 | 0.998250 | 0.902750 |
| 128 | 0.995250 | 0.933000 |
| 64 | 0.993500 | 0.864750 |
| 32 | 0.978750 | 0.925500 |
| 16 | 0.981500 | 0.976750 |
| 8 | 0.985500 | 0.972250 |
| 4 | 0.980000 | 0.899500 |
| 2 | 0.981500 | 0.889000 |
| 1 | 0.975000 | 0.931500 |
| 1 | 0.963500 | 0.956000 |
| 1 | 0.954750 | 0.936250 |
コード
https://bitbucket.org/bluewidz/mp3detect/src/default/ を参照ください。
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